Inwiefern Affiliate Links Einfluss auf das Ranking nehmen, ist schwierig abzuschätzen. Ein Fehler ist es aber sicherlich nicht solche Links zu Maskieren.
Hierzu gibt es viele Ansatzmöglichkeiten, vom Einsatz eines eigenen Adservers über redirections per .htaccess bis hin zu gewöhnlichem Javascript.
Eine noch einfachere Art ist einfach eine Html Seite zu erstellen und diese per
weiterzuleiten. Hierzu muss der Browser nicht mal Javscript aktiviert haben. Am besten noch die Seite bzw. das gesammt Verzeichniss in dem diese Seiten liegen auf nofollow setzen und schon hat man einen Link, wohin auch immer, ohne Linkpower weiterzugeben bzw. durch zuviele Affiliate Links negativ aufzufallen.
Bei exzessivem Einsatz gibt es natürlich wesentlich komfortablere Lösungen per Php, aber dieser Eintrag heißt ja nicht Links maskieren mit einem Php Script sondern… ;)